Paradox 13 explora la reacció d'un grup de persones que, a Tòquio, es troben al límit com a conseqüència d'un fenomen desconegut causat per un forat negre. A causa de l'influx sobre la Terra d'un forat negre, el 13 de març, a les 13 hores 13 minuts i 13 segons es produirà un fenomen anomenat P-13. Les mesures del govern per afrontar s'estudien en el més absolut secret. Ni tan sols els científics saben exactament en què consistirà aquest fenomen i les seves conseqüències: els departaments que s'ocupen de l'assumpte s'han limitat a assenyalar que és important suspendre per uns instants tota activitat perillosa, així com mantenir allunyat dels llocs de risc. Sense i teix, aquesta informació s'ha mantingut oculta amb la idea de no alterar a la població i se'n prohibeix la divulgació fins que passi el fenomen. Fuyuki Kuga, detectiu de la Prefectura de Policia de Tòquio, i el seu germà gran, Seiya, inspector de policia adscrit
a la mateixa Prefectura, s'ocupen en aquests moments d'un assumpte d'atracament a mà armada, però, a causa d'un error de Fuyuki, Seiya resulta ferit de bala per un membre del grup criminal al qual persegueixen. Per la seva banda, Fuyuki rep també un tret dels delinqüents i es desmaia. Quan recobra el coneixement, constata que no queda ningú als carrers de Tòquio. Passejant per la ciutat, sense comprendre què està passant, trobarà a altres deu persones que han patit el mateix fenomen. Entre elles es troba també, inexplicablement, el seu germà Seiya, qui en bona lògica hauria d'estar mort. Incapaços d'assimilar la situació, el grup intenta sobreviure vagant per un Tòquio en ruïnes, devastat per les catàstrofes naturals i les malalties.
