Dotze anys després dels fets descrits a Dune, Paul “Muad’Dib” Atreides governa com a emperador. Després de ser nomenat messies pels fremen, es desencadenà una gihad que va conquerir la major part de l’univers. Paul és l’emperador més poderós que s’hagi conegut mai, però es veu impotent per aturar els excessos letals del gegant religiós que ha creat. Tot i el gran nombre de morts d’aquesta guerra santa, les visions predictives de Paul alerten que tot serà molt pitjor. Motivat per aquest coneixement, Paul desitja reconduir la humanitat en un camí que no la porti a la destrucció, alhora que actua com a governant de l’imperi i líder religiós dels fremen.